ドローンを飛行する際によく間違える事は
「山では自由に飛ばせる」という誤解です。

山は建物や人など障害物になるものが少ないから大丈夫と考えてしまう事がありますが、実は山によっては住宅地よりも許可や申請が必要になる事があるのです。
例えば「国有林」。日本全国あちらこちらに点在しています。
この国有林を管理している機関が林野庁の森林管理署になります。

この森林管理署をサイトを見れば分かりますが、国有林の上空をドローン(重量に関係なく)で飛行させたい場合には、「入林届け」の提出が必要になります。
この入林届けには、各施設や地権者などの許可も明記する必要がありますので、予め飛行ルートの設定や、飛行日時、各機関の承諾をいただいた上で申請となります。
また、国立公園の場合には環境省の許可(保護管事務所)や国定公園であれば、都道府県の環境課(都道府県により名称が異なる場合あり)、県立公園等は各県に飛行申請する必要があります。
そのほかにも、国の天然記念物等に指定されている場所などは、場合によって文化庁(申請は市町村経由)の許可が必要になるケースもあり、更にハードルが高くなります。

墜落した場合の事も事前に考えておかねばなりません。
こういった場所で万が一墜落した場合には、すぐに墜落場所まで行くことは出来ません。
必ず申請した機関に指示を仰ぎ、墜落現場まで植物を破壊しないようにしなければなりません。
墜落当日に回収できない事もありますので注意が必要です。
また、安全飛行のため監視員を配置するなどの配慮が求められることがあります。
こういった内容の調整をした上で許可が下りる事があります。
(特に文化庁の審査はハードルが高いです)

更には山の場合飛行高度についても注意しなければなりません。
飛行している真下からの高さが150mを越える場合、国土交通省への申請と管轄の航空局の管制官との調整が必要になりますので注意が必要です。
特に尾根から谷を越えて隣の尾根へ行く場合や、山と山をまたぐ場合に飛行高度が150m以上になるケースがあります。
十分注意して飛行しなければ航空法の違反となる事がありますので注意しましょう。

簡単に説明させていただきましたが、場所によってはこのような注意事項がありますので、むやみに山だから大丈夫と言ってドローンを飛行させる事はやめましょう。
特に200g未満の機体なら…と考える方が多いと思いますが、これらの注意事項は200g未満の機体にも該当しますので、「頂上に着いたから飛ばそう」という行為には特に注意が必要ですよ。

まずは飛ばしたい場所を確認して管轄の森林管理署にお電話等で相談されると、申請に必要な地権者の許可や承諾などの内容を教えて頂けますよ。
なお、国有林が一目でわかるサイトというものが現状ではありません。
おおよその場所ぐらいは特定できますが…

そのあたりも森林管理署にご相談すると良いと思います。
ちなみに、申請から受理までは各森林管理署にもよりますが、5～7日程度かかる場合がありますので、フライトには余裕を持って申請して下さい。